清代《潞河督运图》所绘北运河漕运情形（局部）

辽金以前北京作为北部边疆重镇存在，漕运多是从维护边疆安全的角度出发。如东汉建武年间上谷郡太守王霸“上书言宜与匈奴结和亲，又陈委输可从温水漕，以省陆转输之劳，事皆施行”。东汉末年曹操主持开凿平虏渠和泉州渠，隋代隋炀帝为东征高句丽开凿永济渠，“引沁水南达于河，北通涿郡”。

宋代以后，地理格局发生了重大变化。一方面政治中心从长安、洛阳不断向东、向北转移。与此同时，经济重心则向长江流域转移。政治中心与经济重心在空间上的分离，使得漕运在维护政权稳定上具有了更加重大的意义。

辽金以后北京政治中心地位奠定，由于通州至北京之间并无大河相连，且两地之间坡度较大，通州由此成为大运河最关键的节点。南方漕粮运至通州后即可交仓南返，通州作为北京粮食及其他物资仓储与供应中心存在，成为国之重地，由此决定了通州城市的崛起。

金朝以燕京为中都，政治中心转移至此，不但城市格局、宫殿、苑囿具备了都城的规模，保证其物资供应的漕运事业也翻开了新的篇章，漕运从此成为军国命脉。借助于隋唐以来不断沟通、改造的华北水网，经由今卫河、滏阳河、滹沱河、子牙河、大清河等天然水道和其间的人工漕渠，漕粮及各种物资汇集到今天津地区以后，仍循潞河（今北运河）等到今北京通州。通州，曾称潞县，海陵王天德三年（1151年）升为通州，取“漕运通济之意”，领潞、三河二县，说明其已成为金中都的漕运枢纽。

为了解决通州到中都城里这一段路程的运输，金代进行了诸多探索。最初海陵王时期和金世宗初年，中都和通州之间的漕运主要依靠坝河，但坝河河床坡度大，难以留存足够深度的水量，承载漕船并不理想。金世宗大定十年（1170年）决议开金口河，引永定河水通漕。由于坡度大、永定河水含沙量高，最终失败。金章宗泰和五年（1205年），又开通州潞水漕渠，放弃了引浑浊的卢沟水为漕河水源的思路，改引高梁河、白潭等各路清水作为水源。在通州至中都的漕河中设置数闸以调节因河床坡度过陡而致使河中存水不足的问题，因此这次开凿的运河也被称为“闸河”，从此漕船可自通州直驶到中都城下。经过金代开金口河、闸河等一系列努力，驳运通州仓储入中都，自此，通州成为“九重肘腋之上流，六国咽喉之重镇”。

随着元代北京成为大一统帝国都城，物资需求日益庞大，而粮赋供给却几乎全部仰仗江南，漕粮运输任务更加繁重。大部分粮食储存在通州，通州至大都城虽然有一条坝河，但运力远远满足不了漕运所需。郭守敬通过对北京地区水资源及地形的详细勘察向元世祖提出了一个宏伟计划，“大都运粮河不用一亩泉旧源，别引北山白浮泉水，西折而南，经瓮山泊自西水门入城，环汇于积水潭。复东折而南，出南水门，合入旧运粮河。每十里一置闸，比至通州，凡为闸七，距闸里许上重置斗门，互为提阏，以过舟止水”，成就了运河史上著名的通惠河。有了通惠河，运抵通州的漕粮基本可以全部运到大都城里的京仓，而不必滞留于通州的仓库。

明清时期，通州是大运河北部的关键端点，京城漕运码头。明代《长安客话》卷六《畿辅杂记》记载，“国家奠鼎燕京，而以漕挽仰给东南，长河蜿蜒，势如游龙，而通州实咽喉之地”，光绪《顺天府志·经政志三·漕运》“通之水利，漕河为大，东南粟米，舳舻转输几百万石，运京仓者由石坝，留通仓者由土坝，故通于漕运非他邑比”，都是这段历史的注脚。

与元代相比，明清时期通州的城市地位更加重要。由于明代昌平皇陵的建设，原本作为通惠河水源的白浮泉被废弃，同时皇城的扩展将通惠河上游包入其中，通惠河运力大减，且终点改在了大通桥下，以此为起点的北京至通州段运河也改称大通河。在这一背景下，更多的漕粮被储存在了通州。明代正统十四年，为了确保漕粮的安全，通州城扩建新城，将西仓、南仓围于新城之中。

清代与明代相比变化不大，保留了明代所建的大运西仓、大运南仓与大运中仓，并在康熙三十一年，于州南门内草场胡同建常平仓。清末开始大规模建设铁路，原“京师门户”通州无铁路经过，与通州繁荣关系很大的漕粮改用火车及海船运输，因此通州“繁盛之象大逊”。1907年，有外国人记载“许多空着的和正在损坏的巨大粮仓，则成了繁荣的过去遗留下来的唯一证据”。