1945年日本无条件投降后，10月17日，来自祖国大陆的中国军队抵达基隆港，全岛同胞都去迎接。受降典礼于10月25日在台北市公会堂(现为中山堂)举行，由台湾省行政长官兼警备总司令陈仪接受日本台湾总督兼第十方面军司令长官安藤利吉投降，签署了将台湾版图归还中华民国的降书。台湾自1895年割让日本以来，过去半个世纪，才正式回归祖国怀抱。在台北市的受降仪式上，安藤利吉向中方接收代表鞠躬致敬，随后在投降书上签字。

收复台湾后，在台湾的日侨遣返工作成为一个突出问题。12月27日，台湾省行政长官公署成立日侨管理委员会，负责调查统计和遣返工作。经多次研究后决定，日本海陆军遗族和留守家属成为首批遣返对象，其余日侨随后遣返，并划定基隆、高雄、花莲等港口作为遣返集中地点。至1946年4月底，共遣返日侨29万多人。至1946年12月底，又遣返“留用”日侨及残留日侨近3万人。

1947年4月初，日侨管理委员会开始筹划第三次日侨遣返。到5月初，又有日侨3500多人被遣返。此后，日侨管理委员会被撤销。

1947年5月，台湾省政府成立后，又进行了第四、第五次日侨遣返，到1948年11月，除少数取得中国国籍的日侨外，其余滞留在台湾的日侨基本上被遣返完毕，但此后的一段时间里，仍不断有个别“潜伏日侨”被发现后，遭台湾行政当局遣返。