从国有企业到国有资本。上个世纪90年代初，中改院率先提出了“从国有企业向国有资本过渡”的改革建议。其中包括：加快实现从国有资产管理向国有资本管理的根本性转变；从国有企业数量目标的追求转向国有资本总体效益的实现；建立国有控股公司，着力培育国家“种子队”；优化国有资产管理，实现国有资产的保值增值等。

建立以股份制为主体的企业结构，是中改院在上个世纪90年代初就提出的建议。中改院在全国率先举办国有企业股份制改革培训班，培养了全国最早的一批股份制经济规范化运作人才。一些学员后来成为各地股份制改革操作中的骨干力量，中改院由此也被喻为全国国有企业股份制改革的“黄埔军校”。90年代中后期，中改院推动职工持股改革，提出“建设有中国特色的职工持股制度”系列建议报告，举办大批培训班，在实践中产生了积极的影响。1998年，中改院提出建立完善国有企业治理结构的建议。1999年，中共十五届四中全会文件起草小组调用中改院刚形成的《中国国有企业公司治理结构研究》报告，用作文件起草的重要参阅件。

进入21世纪以来，中改院提出“以公益性为重点调整优化国有资本配置”的建议。一是对国有资本布局进行战略性调整，把更多的国有资本投向涉及公共福祉的领域；二是加大国有资本的分红比例，建议到2020年国有资本分红比例提高到25%～35%。这一建议与十八届三中全会《决定》提出的国有资本上缴公共财政比例不低于30%的改革目标吻合。

以解决不良债务为重点加快金融体制改革。1991年，中改院承办“中国金融体制改革国际研讨会”，就中央银行的独立性、货币政策工具、政策性贷款和外汇体制改革等提出了一系列政策建议，被相关决策机构采纳。1992年，完成“走向可兑换货币”研究报告，提出人民币先实行经常项目可兑换，逐步过渡到完全可兑换的建议。1995年11月，形成“以解决不良债务为重点加快商业银行体制改革的建议（30条）”，提出通过债务托管解决不良债务，推进银行商业化、股份化的建议。这项建议引起国家有关部委的高度重视，原国家计委、国家经贸委领导对此组织专人讨论研究。

建立新型社会保障制度。社会保障制度改革是建立社会主义市场经济体制的重大任务。中改院建院之初就高度关注社会保障制度改革。早在1991年，中改院就对社会保障问题进行了系统研究，提出了“以公积金为主、个人账户为辅”逐步过渡到“以个人账户为主”的中国社会保障模式。1992年，提交了“建立海南新型社会保障制度”的改革方案，成为海南省社会保障制度改革的重要蓝本，也引起全国其他省份的高度关注。

宏观调控体制改革。1993-1995年，在我国经济进入高速增长的快车道，固定资产投资规模扩张过猛，通货膨胀居高不下的情况下，中改院提交了“在经济快速增长中有效地抑制通货膨胀的五十条建议”，受到相关部委的高度重视，被国家有关部委在制定政策时大篇幅采纳。

走向开放竞争的基础领域改革。1998-2003年，中改院连续举办了五次关于基础领域改革的国际论坛，重点讨论电信、电力、铁路、民航等垄断性公共部门的市场化改革，提交了5份基础领域改革的政策建议报告，呼吁打破基础领域垄断、引入竞争机制、推进股份制改造、加快市场开放、引入民间资本。

2. 实现农村土地使用权长期化、物权化、资本化

土地制度改革一直是农村改革的核心问题、焦点问题，也是敏感问题，中改院始终把“三农”问题作为重点研究课题，率先提出重要改革行动建议。