孙中山先生由于长期为中国革命奔波，积劳成疾，身患肝病。冯玉祥北京政变成功后，中山先生应邀北上共商大计。1924年底北上之初，身体已有不适，到天津时肝病复发。进京后，病情危重，1925年1月26日施行手术时，医生断定为肝癌。在京国民党人意识到情况严重，当晚即开政治委员会议商量。1925年2月16日，在京国民党中央委员在北京饭店开会，“讨论先生身后准备事宜。到会者除政治委员外，有孙中山先生家属孙哲生、孔庸之、宋子文等。决议附身事由家属主持而由党襄助之，其他典礼则由家属与党分别主办，墓道拟在北京或郊外”。

1925年3月12日上午9时30分，中山先生在北京铁狮子胡同行辕逝世，遗体送北京协和医院施行防腐处理。中山先生逝世后，国民党立即向海内外发出讣告，并迅速组建治丧机构，分头操办。在北京，于逝世当晚组织“孙中山先生治丧办事处”，以经纪其事。治丧的主要决策由北京治丧处会同孙中山家属共同做出。

逝世第二天，国民党人与苏联政府联系，定制安葬列宁所用玻璃盖钢棺。但制作运输尚需时日，于是先使用协和医院旧存的一具美式楠木棺，棺的顶面为玻璃，吊唁者可瞻仰遗容。中山先生逝世后，前来吊唁的有俄、美、德、法、比、英、日、荷、丹麦、瑞典、葡萄牙等国公使的代表，参议院非常国会、各社会团体及梁启超、段祺瑞、黄郛、杨度、冯玉样、张作霖、卢永样、唐绍仪等均来电吊唁，并派专员来京协助办理丧事。

治丧处决定1925年3月19日为大殓期，并致书于执政府，“兹定于三月十九日上午十一时敬迎孙中山先生灵柩，由协和医院礼堂至中央公园内社稷坛大殿安放，并于二十四日举行弔（吊）礼”。1925年3月18日上午10时，中山先生的家族葬礼在北京协和医学院礼拜堂进行。宋庆龄和孙科邀请了与他们一向交谊很好的燕京大学教授刘廷芳主持，圣公会牧师朱友渔协助主持。参加葬礼者约400人，除亲属孔祥熙、宋子文外，还包括国民党要员。

19日11时，孙中山灵柩奉移至中央公园，12时一刻，抵社稷坛大殿。移灵过程中，12万民众自发地护送。自3月20日起，国民党、北京市各界人士、来自全国各地的民众开始在社稷坛“拜殿”祭奠孙中山。22日，治丧处定于“4月2日午前11时恭送先生灵柩于西山暂厝，俟紫金山墓地建筑完竣后再行护运”。北京政府亦派出柏文蔚及内务次长王耒为治丧政府代表，协助办理丧事。在中共方面，李大钊、邓颖超也参加了北京治丧处的工作。

3月24日至4月1日为各界公祭日，每天都有成千上万的各界人士前来中央公园吊唁。3月30日，苏联政府特派专员多米诺夫将赠送的玻璃盖钢棺运到北京，但此棺“外观颇佳，但质地极薄，恐不耐久”，不利于长期存放遗体，最后决定仍用原棺。

4月2日下午，孙中山的灵柩出中央公园，经北京长安街、西单、西直门，移往西山碧云寺暂厝，安放于碧云寺金刚宝座塔石龛内，30万群众自发送行。

此后的几年间，孙中山先生灵柩只有广东革命政府所派的少数卫士守护。由于战火频繁，守灵处主任李荣为了?；ぶ猩较壬盘?，决定和卫士们一起把孙中山遗体转移到附近一个山洞里。他向协和医院的潘医生要了一些防腐药水，又从中法中学取回了孙中山最初曾用的一具美式小棺，1927年11月25日深夜两点半，李荣召集全体守灵卫士把中山先生遗体从楠木大棺中取出，用药棉裹好，然后移入美式小棺中，放置于山洞里隐藏起来。直到1928年南京国民政府发动二次北伐占领北京后，守灵卫士才于6月7日夜间，把中山先生遗体从山洞取回，重新换入大棺，放回碧云寺灵堂中。但另有说法认为，“移灵”一说也许是守灵卫士无奈之中想出的计策：故意散布传言，让人以为孙中山先生的遗体已经不在碧云寺了，以此转移图谋不轨者的视线。

1928年7月6日，蒋介石和阎锡山、冯玉祥、李宗仁、白崇禧及吴稚晖等至北京西山碧云寺中山先生灵前举行祭告典礼，以示北伐胜利。12月20日，南京国民政府特派林森、郑洪年、吴铁城赴北京，此前定制的美式铜棺也随车运往北京。1929年1月，林森展开工作，派员训练杠夫、拓宽大道。

1929年5月，南京中山陵竣工。5月22日至23日，碧云寺举行隆重的遗体改殓仪式。5月25日晚，宋庆龄、孙科等亲属与林森、郑洪年、吴铁城及海陆空军总司令行营主任何成浚，河北省主席、代理平津卫戍司令商震先后都抵达碧云寺。第二天移灵时，遗体从楠木棺内移至欧式铜棺中。移灵前政府要员孔祥熙登塔巡视，发现当年经孙中山扶植过的“九龙柏”青翠茂盛，兴奋之余特撰写“总理亲手扶植塔顶侧柏记”，以示纪念。

孙中山换下来的民国大礼服、大礼帽等衣冠，仍放在原来的楠木棺内封存在石塔中——花岗岩砌筑的墓墙上镶嵌着汉白玉雕琢的墓碑，上面镌刻着“孙中山先生衣冠?！卑烁龃笞郑魑镏猩搅槭嘣葚缺淘扑碌募湍?。

5月26日下午3时，中山先生灵柩途经长安门、中华门，出正阳门抵东车站，移灵专列离开火车站，开往南京中山陵。