1986年10月25日，抚顺县第一工业局、抚顺县化肥厂与东北制药总厂签订了《经济技术联合协议书》，1986年11月27日又签订补充协议书；

1988年11月15日，东北制药总厂与抚顺县第一工业局、抚顺县财政局签署了《关于承包经营抚顺县化肥厂协议书》，东北制药总厂作为承包人，抚顺县第一工业局、抚顺县财政局作为发包人，协议约定东北制药总厂承包经营抚顺县化肥厂20年，承包期从1988年1月1日起至2007年12月31日止；

2003年2月，在《关于承包经营抚顺县化肥厂协议书》未到期的情况下，抚顺县经济贸易局将抚顺县化肥厂的产权转让给亿华实业，并签订了《抚顺县化肥厂产权出售协议》。

2004年2月，亿华实业对东北制药总厂提起诉讼，要求东北制药总厂偿还承包抚顺化肥厂期间造成的经营亏损。

上述东北制药总厂为东北制药1993年设立之初的三大资产之一。1993年，东北制药集团有限责任公司以其下属的东北制药总厂、沈阳第一制药厂和东北制药集团公司供销公司的生产经营性资产，以及三家企业所占用土地的土地使用权，折价入股东北制药。

亿华实业于2004年提起诉讼后，2005年8月16日，辽宁省高院驳回其诉讼请求，亿华实业不服一审判决向最高人民法院提起上诉；

2007年9月20日，最高人民法院撤销一审判决发回辽宁省高级人民法院重新审理；

2008年2月22日，辽宁省高院以“因其他衍生诉讼的结果将影响案件审理”为由，裁定案件中止审理。

公告称，今年3月，由于其他衍生诉讼案件均已结案，案件恢复审理。11月20日，东北制药从辽宁省高院领取了恢复审理的诉讼材料，开庭时间尚未确定。

实控人从沈阳市国资委变更为“方大系”掌舵人方威

7月19日，东北制药披露公告称，公司控股股东变更为辽宁方大集团实业有限公司（下称“辽宁方大”），实际控制人变更为辽宁方大董事局主席方威。方威同时还是上市公司方大炭素、方大特钢的实际控制人。

今年5月9日，东北制药完成以8.96元/股发行9493万股的非公开发行，共募集资金8.5亿元，其中，辽宁方大斥资6.73亿元认购7510万股，认购完成后，辽宁方大合计持股东北制药13.20%。

随后，辽宁方大又分别于5月28日-6月1日、6月8日-6月12日、6月25日-7月2日期间，通过二级市场多次增持东北制药股份。截至2018年三季度报，辽宁方大合计持有东北制药1.48亿股，持股比例为26.02%，跃升为东北制药第一大股东。

原控股股东东北制药集团有限责任公司和第二大股东中国华融资产管理股份有限公司，分别持股17.54%和6.03%，退居东北制药第二大和第三大股东。