同一个账户公私混用属实，但那笔被陈哲宇他们分配的50万元，是否完全属于被套取的科研经费的一部分？此50万是否就是彼50万？这成为该案备受争议的要点之一。面对公诉人，他曾反问对方：如果你从一个账户中取出部分钱买了一台电视，你能说明这部分钱是源自去年哪个月的工资吗？

陈哲宇认为，造成目前这个局面，更多的原因还是在于科研经费管理和使用的体制问题上。

近年来，针对科研经费管理体制的问题一直有讨论。虽然国家层面也在出台或修改相关政策，但正如一位专家所说：在实际的科研经费管理中，中央开了一个三米宽的大门，但到了行政执行层面，被各种规定和细则约束得只剩下三厘米的门缝儿了。

套取科研经费的行为应该谴责

陈哲宇在被带走后曾对律师做过一个比喻：科研经费如同一桶水，按要求是申请一个瓢去舀，但申请程序很繁杂，且很可能瓢申请来了，水也坏了?！八晕矣蒙鬃尤ザ盗思干子糜谖凳笛槭业目蒲?。”其二审律师周泽认为，这几勺的量远远少于陈哲宇及其团队所应得的。他觉得，无论是套取的400万科研经费还是引发此案的那50万元，真正导致目前状况的实则是科研经费管理体制的问题。

据中青报报道，2015年3月，在完成对科技部、中科院的巡视后，全国人大常委、曾任中央第十巡视组组长的令狐安痛心地指出，普遍存在的科研经费报销问题，大部分属于现行规定及制度不合理造成的“逼良为娼”的现象。

中国人民大学法学院教授、博士生导师肖中华也曾就类似案例撰文称，科研人员采取不正当手段套取科研经费的行为，具有可谴责性，但不应认定为贪污罪。

中国社会科学院法学研究所副研究员支振锋向钱报记者表示，科研经费只能用于协议所规定的研究目的。除非协议中有规定，科研人员可以通过开公司来就技术进行试验或检测，否则不允许通过公司来对经费进行操作。