1、 健保核销程序问题。来大陆投资、经商、就学、旅游等的台胞日益增多，由于固有的习惯和理念因素，在大陆的台胞一般都选择到台资医院就医。然而根据台湾健保的规定，急诊和住院五日以上的就医费用才能报销。台胞在大陆就诊的所有费用必须先自行支付，出院时需取得诊断证明书、住院费用明细表和收费收据等，至公证处进行公证（仅证明前述资料为原件）。之后将公证书送至台湾海基会，验证完毕后再送至健保局核退自行垫付的可报销部分费用。由于整个报销程序耗时长、手续繁琐、公证手续费高,以致不少台胞小病自治，遇大病、急诊才上医院就诊，即便去医院就诊，诊疗费用低于千元的也不愿送回台湾核销。这不仅给台胞在大陆的工作、生活造成相当大的阻碍，对于台资医院的发展也造成了一定程度的制约。

    2、 税收政策问题。《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知（财税〔2000〕42号）》规定：民营医院自取得执业登记证之日起，3年内给予免征对取得医疗服务的营业税、对自产自用制剂免征增值税以及对营业性医疗机构自用房产、土产、车船的房产税、城镇土地的使用税和车船使用税。但事实上，台资医院在取得执业登记后，往往要花上至少一至两年时间才能正式投入运行。因此，3年的税收优惠政策对台资医院并无多大的实惠。

    3、 公用事业费问题。长庚医院、禾新医院等大型台资综合医院，无论从其办医理念、经营目标、基本功能，还是医院规模、医学水准，均趋同于甚至高于部分公立医院，也具有一定的公益性质。然而，由于其社会办医的背景，便被认为是“营利性”，公用事业费等费用均比照服务性行业征收，而不能享受公立医院公益性事业单位的待遇，为此承担了比公立医院沉重得多的税负和成本。