慈山寺山门。

　　寺庙有防弹安全房

　　大雄宝殿的西侧是藏经阁，而东侧是慈山寺的另一轴线。此轴线上依次为普门殿、观音圣像。慈山寺的地标：观音圣像高76米，坐北向南，背靠八仙岭，面向船湾淡水湖，其造型慈祥庄严，立于三层莲花座上。

　　位于慈山寺西区，则建有3座两层高供僧人及尼姑入住的僧寮。3座僧寮外形设计古色古香，最西端一座名为“维摩室”，虽然只得两层，但设有升降机，二楼共有5间房，包括中央客厅，所有窗户均装上防弹玻璃，以左面单边套房最大，面积达30平米，是唯一放置双人床的房间，房内有电视机、单人沙发，套房的天花、地板及墙身内装嵌厚达20毫米的钢板，可抵受爆炸冲击力。其余两座供僧人和尼姑入住的僧寮，外观设计大致一样。

　　高度设防的僧寮及最大套房是否李嘉诚专属禅修住房？对此，慈山寺秘书长倪启端接受采访时透露，建寺时先考虑修行，设计时参考过其他接待贵宾的保安设施。但倪启端强调，没有一间房间室给予特定某人入住，住持离任后，其住房也会给予其他僧侣入住。而整所寺院可容纳80名法师长期修行。

　　倪启端表示，李嘉诚一次也没在寺庙内住过，但曾多次到寺，多数参加法会，以及与佛教有关事宜，关心法师住处及斋备等。他表示，慈山寺全部建设费逾15亿港元，以及日常行政费用，全数由李嘉诚基金会承担，寺院运作由僧人负责。寺方感谢李嘉诚及其名下基金会，让慈山寺有稳定资源运作，专心弘法教育。