不过，爱媛县干部质疑学园方面的主张。在野党也齐声批评这是袒护安倍的牵强辩白，打算以查明真相离不开传唤当事人加计到国会作证为由加强追究。在此之前，安倍已经在国会否认与加计会面，但没有表明具体依据。

爱媛县向国会提交的新文件显示，安倍与加计在2015年2月25日进行了约15分钟的会面。文件中写道，加计介绍称，力争开展具有国际水平的兽医学教育，安倍评论称“这种新兽医大学的想法很好”。该县称，于同年3月3日从学园相关人士处接到报告。

学园发表的评论解释称，就新文件内容向相关人士进行确认，结果得知“负责人将实际不存在的安倍总理与加计理事长的会面当作话题提出，向爱媛县和今治市传达了错误信息”。

关于传达虚假会面信息的理由，据悉是因为当时新设兽医系的计划陷入停滞，认为“在探寻解决办法的情况下，从‘结构改革特区’转向‘国家战略特区’的话，或许能找到出路”。学园相关人士解释称“干部并不知情”，表示今后将考虑对涉事职员予以处分。

爱媛县新文件的记载还包括“学园理事长与总理见面后，接到秘书官要求提交材料的指示”、“总理与学园理事长日前聚餐”，但学园的评论并未提及这些记载。

加计学园通过传真向媒体发送了1页纸的评论，道歉称“给相关人士添麻烦了”，但没有召开记者会。爱媛县干部认为存在抵赖的可能性，表示“将加紧收集信息”。

爱媛县于21日向国会提交了新文件。安倍在22日的国会上强调“没有在被指出的那天会面”、“没有谈论新设兽医系”，称获悉计划的时间为2017年1月20日。今治市市长菅良二25日表示：“记得接到报告称理事长与首相会面了。”