在向森友学园出售国有土地问题上遭批评的日本国税厅长官佐川宣寿9日辞职，并获得了内阁批准。副首相兼财务大臣麻生太郎在9日晚的记者会上就自身去留表示“没有考虑”。他表示佐川主动提出辞职，同时还透露以“损害了对行政的信赖”为由，对佐川作出减薪处分。麻生表示财务省将在下周较早时候公布该篡改事件的调查结果。自民党干部称预计是12日。与此相关，麻生还提到有可能对佐川追加惩处。

据日本媒体报道，佐川从2016年6月至2017年6月曾任日本财务省理财局局长，期间他多次在国会就森友学园廉价购得国有土地进行答辩，但被在野党指责虚假，引发国会审议混乱。佐川曾在答辩中表示，按财务省规定，与森友学园交涉的文件已在交易后被销毁，并一直否认与森友学园方面事先进行了价格磋商。但之后疑似反映磋商情况的内部文件和录音被曝光。

10日正在福岛县访问的首相安倍晋三对此表示，必需尽全力弄清文件是否(被篡改)。希望以副首相兼财务大臣麻生太郎为首，举整个财务省之力进行应对。而在野党再次要求基于国政调查权展开调查。执政党考虑到2018年度预算案和相关法案的审议，希望早日恢复持续混乱局面的国会，但在野党打算只要看不到积极应对就不予以回应。

2017年2月，森友学园被媒体曝出以几乎白拿的方式获得一块估价近10亿日元(约合6000万元人民币)的国有土地用于建造小学，各界纷纷质疑其中存在行政干预。