慈云寺遗址，始建于唐代。2013年9月13日至12月6日，重庆市文遗院对该遗址实施了抢救性考古发掘，完成发掘面积1800平方米，揭露出寺庙主体及明清时期附属建筑遗迹33处，包括殿基址4处、房址2处、院1处、排水沟8条、道路4条、焚烧坑6个、佛台7个、佛龛1处。出土铜、铁、陶、瓷、石等各类明、清时期遗物百余件，基本弄清了寺庙主体区域的布局与结构。

此外，重庆文遗院在慈云寺旁还发现了重庆最大的僧人墓葬群，计有300余座，以明代僧人墓葬为主。记者了解到，这些僧人墓尽管没有随葬品，却依然大多被古往今来的盗墓贼“光顾”过。而且，当时的僧人并非全部采取火葬，有的依然会以土葬的方式下葬。

九龙坡区文管所相关负责人介绍说，其实现在可见的慈云寺遗址，仅是昔年这座千年古刹的一部分，有相当部分和山体结为一体，因为种种条件无法发掘，一直让考古专家感兴趣的慈云寺唐代遗址有可能就在其中。

由于慈云寺当年曾经遭遇严重破坏，所以有不少文物碑刻，都曾散落在溪水，山间。现任华岩寺方丈道坚，就曾于2012年年在慈云寺旁的溪水中，找到一块石碑，记载明末兵部尚书、文渊阁大学士王应熊游历慈云寺的经历——王应熊就是重庆渝北人，官至礼部尚书兼东阁大学士、南明兵部尚书兼文渊阁大学士，可惜无论在崇祯皇帝手下，还是在南明永历帝手下，都无法逆转明朝败亡悲剧。