时值两岸关系紧张之际，柯文哲先是在接受媒体采访时呼吁大陆“不要为了0.5%的芥蒂，放弃99.5%台湾广大的善意”，16日又安排与大陆记者餐叙。据台湾《中国时报》18日报道，大陆媒体都很关心“双城论坛”何时举行，但柯文哲不愿多谈。与会的大陆记者表示，柯文哲“和往常显得不太一样”，以前遇事侃侃而谈，但这次午宴安静许多，对事涉两岸的问题大多避而不谈，“可能因双城论坛谈判已在节骨眼上，他不愿横生枝节所致”。17日，针对两岸关系紧张、政策走向限缩，柯文哲意有所指地以自己当市长的经验为例，建议蔡英文“先冷静想一下”。他强调，台湾对大陆打“封锁战”“消耗战”不太容易，往往是“毙敌一千，自损八百”，双方关系如果太紧张，最后很难有转圜余地。

这番话让岛内媒体颇不以为然?！吨泄北ā?8日直言，这说法未免太抬举台湾了，改为“杀敌一百，自损一千”还差不多。孙子2500年前说出“伤敌一千，自损八百”，主要意指两军交战通常两败俱伤。柯文哲原意也是提醒绿营，限缩交流对台湾绝非好事。但两岸你大我小，难以比较，台湾对大陆如蚍蜉撼大树。文章说，台湾当然有优势，但别忘了，大陆整体素质也在提高，台湾究竟能保多少优势？“还是学学孙子，‘上兵伐谋，其次伐交，再次伐兵’。台湾的两岸谋略是什么，蔡政府是该好好思考”。中央日报网络报称，一旦两岸“外交战”正式开打，不只在所有的国际组织，台湾都将寸步难行，而且现有的20个“邦交国”，可能一夕之间就少掉1/3甚至一半，试问台湾如何反击？大陆如果真的发布禁令，使陆客来台观光人数减少一半，台湾对此又如何因应，“显而易见，台湾想要反制大陆的筹码其实相当有限，效果也不会很大;相反，如果激化大陆采取‘反反制’报复的话，台湾势必受到重大伤害”。