2010年12月，中国国家发展和改革委员会核准广州港南沙港区三期工程项目。2012年8月，该三期工程进行大规模吹填造陆。

南沙集装箱一期、二期工程已于2004年、2006年陆续投产，如今随着南沙集装箱三期工程的竣工，广州港南沙港区主岸线总长度已达5718米，有16个万吨级专业化集装箱深水泊位形成规模运作，配备有适应超巴拿马型(例如超级油轮和超大型集装箱船)集装箱船作业的装卸岸桥61台。

广州港集团介绍，目前，南沙三期码头已开辟5条外贸集装箱班轮航线，计划2017年完成集装箱吞吐量300万标准箱。今年一季度，南沙三期码头完成集装箱吞吐量56.54万标准箱，同比增长91.66%。

广州港集团同时介绍，今年第一季度，南沙邮轮母港共接待出入境旅客115582人，同比增加46218人，增长66.6%。