蔡英文办公室发言人黄重谚表示，基于卸任的马英九在台湾安全上的重要性、特殊性与机敏性，复以本案无前例可循，为求慎重，申请已核定不予同意。

马办表示，蔡英文办公室曾在6日晚间7时20分发函要求马英九提供活动与会人员名单和背景资料，并要求事先提供讲稿内容等相关数据，马英九已全照办，并在7日上午7时派员前往送件。马办指出，如此审查方式，是否不甚尊重主办单位和卸任的台湾地区领导人，相信社会自有公评。

马办说，蔡英文办公室驳回申请的另一理由是“国安”单位对马英九出访安全维护有顾虑，但李登辉、吕秀莲、萧万长卸任至今多次离台，未闻“国安”单位有顾虑，不知这次为何突然有此项考虑，难免让社会大众怀疑非出于专业考虑，而有其他动机和原因。

马办对此遗憾表示，马英九是应亚洲出版协会（SOPA）邀请到香港公开演讲，全程公开透明，仅在香港停留7小时，当天来回，高度自我约束却仍被质疑有泄密之虞，蔡英文办公室如此决定，令人难以信服。