抗战全面爆发后，熊十力先回原籍黄冈，继则避难四川，任教于马一浮主持的乐山复性书院。此时的熊十力，虽身处后方，却痛感外侮日迫，族类益危，常因想起沦陷区同胞之苦辱而禁不住失声痛哭。

1943年，熊十力移居梁漱溟在重庆北碚的勉仁书院。值此民族危亡之秋，熊十力将其满腔真情都倾注在中华文化的存亡绝续之上。

熊十力痛恨蒋介石，他讲课时，经常讲着讲着就跑了题，大骂蒋介石不做抵抗，导致东北失陷，误国误民。蒋介石在国民党当权，他非常气愤，还曾把写有蒋介石字样的报纸撕下来塞到自己的裤裆里面。

抗战胜利后，在川中避居著书授徒多年的熊十力返回了湖北老家，路过汉口时借住朋友家中。此时蒋介石为了封住熊十力的口，便差人去请，想请熊十力为国民党出出主意帮帮忙。熊十力一听便大声斥责说：“要我去看他，他是什么东西?不去!”

蒋介石知道熊十力一生最大的愿望就是办个哲学研究所，就让人打电话给湖北省主席万耀煌，让万耀煌收买熊十力，“帮他成立哲学研究所”。谁知熊十力得知此事之后，却并不领情，并毅然道：“我熊某对抗战无寸功，愧不敢当?！辈唤鼍芫苏獗是共蝗ゼ槭?。蒋介石得知后，只好不提这事了。